martes, 20 de febrero de 2018

Elaboración del modelado de mi ascendencia genética

Hay muchas formas de modelar la ascendencia genética. En mi caso, he preferido utilizar las coordenadas de Global 25 preparado por David Wesolowski, fundador del proyecto de ascendencia de eurogenes con el script R nMonte3 creado por Huijbregts.

Salvo mi línea directa paterna que es oriunda de Liguria, en el norte de Italia, la mayor parte de mis antepasados recientes, ocho o nueve generaciones atrás en el tiempo, son originarios de distintos puntos de Iberia. Esta información da lugar a la elaboración del modelado de mi ascendencia genética para el Neolítico y Edad del Bronce que sigue a continuación.


La literatura científica actual publicada en 2017 sugiere que los cazadores-recolectores locales y los primeros agricultores llegados de Oriente Próximo y la Anatolia se mezclaron intensamente y se integraron entre ellos desde el inicio del Neolítico en la Península Ibérica y que recibió menor influencia de los pueblos de las estepas en la Edad del Bronce que el centro y norte de Europa. Por tanto, las tres poblaciones candidatas para el modelado son:

  • Neolítico de Anatolia: Barcin_N, 6500-6200 BC y Tepecik_Ciftlik_N, 6750-6635 BC
  • Neolítico Medio de la Península Ibérica: Iberia_MN, 4200-3500 BC
  • Pueblos de las estepas de la Edad del Bronce: Yamnaya_Samara, 1740-1430 BC

Adicionalmente, añadimos al modelo anterior las siguientes constantes:

  • Como proxy WHG, el especímen Rochedane
  • Como referencia del Oeste de África, el grupo étnico Yoruba
  • Los Nganassans, un pueblo urálico de Siberia
  • Para Asia, los grupos étnicos Han y Mongolians
  • Y para Amerindia, el grupo étnico Pima

La hoja de datos que estoy usando para este modelo se encuentra disponible aquí y este es el comando que he ejecutado:

R -e 'source("nMonte3.R"); getMonte("input/Model_Davidski_g25_scaled.txt","target/g25_DavidRabaez_scaled.txt",pen=0);'

Una vez ejecutado los cálculos obtenemos los siguientes resultados:

David_Rabaez

[1] "distance%=3.8677"

Iberia_MN,40.2
Yamnaya_Samara,29.4
Barcin_N,21.6
Yoruba,5.4
Tepecik_Ciftlik_N,3.4

Manuel_Rabaez, mi padre

[1] "distance%=2.5653"

Iberia_MN,36.8
Yamnaya_Samara,30.6
Tepecik_Ciftlik_N,20.8
Barcin_N,8
Yoruba,3.8

Maria_Artal, compañera de Euskal Herria

[1] "distance%=4.4102"

Iberia_MN,69
Yamnaya_Samara,29.4
Barcin_N,1.6


Fuentes

1.- Daniel Bradley, Rui Martiniano et.al 2017. The population genomics of archaeological transition in west Iberia: Investigation of ancient substructure using imputation and haplotype-based methods

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